口袋妖怪黑白2是一款复古像素画风的策略类角色扮演游戏，游戏故事发生在2年后伊修地区的新故事。虽然游戏的舞台一样，但城市的设施、登场的角色都不尽相同，而且还会追加新的口袋妖怪。此外，本作还加强了通信联机方面的要素，例如支持百人进行通信等。

口袋妖怪黑白2是一款画风非常复古的策略类角色扮演游戏，玩家同劲敌自合众地方的西侧桧扇市开始旅行，自白露处领取他们的初学者口袋妖怪。与其他口袋妖怪主系列游戏相同，玩家游历整个地区，挑战道馆训练家们以集齐八个道馆徽章，并前往挑战联盟的四天王与冠军。

口袋妖怪黑白2中的冠军阿戴克会在游戏的初期和主人公相遇。

两年前等离子队之王N行踪不明，无人知晓他去了哪里。

黑2白2中的初学者口袋妖怪依旧确定为藤藤蛇、暖暖猪和水水獭三只。同时，贝尔受红豆杉博士委托，来到桧扇市并送给主人公初学者口袋妖怪。

切莲经过了两年成长成为一名道馆训练家，专长为一般系。

之后是前作中强大的训练家在「口袋妖怪黑2白2」中登场。

口袋妖怪黑白版2中出现「口袋妖怪世界锦标赛」，是口袋妖怪世界中全国最强决定战。

竹兰、小茂、小刚、小霞、坂木、电磁、大吾和渡都会在其中登场，不过使用的队伍并不是前作的队伍。