《拳皇98ae》版本中有大蛇（问号右边按住开始键选择，阳光出招为236236A），爆风，96BOSS队的基斯、克劳撒、比克，如月影二等人物。新增加了暴走的丽安娜，暴走的八神，以及96的boss高尼兹!再加上可选人物，招式(其中包含99.2000.2001.2002的必杀和隐藏)以及血槽的大量增加，使游戏的可玩度大大提高！改版作者：EGCG

每个角色每局都可以单独从新选择模式：

ADV模式：

1、A，B，C，D攻击中敌人时，可以按AB费气向前闪。

2、按BC爆气，消耗一个POW。POW槽不自减，自身攻击中敌人（不包括防御）时能取消出其它招式，超杀，取消时消耗一定的POW槽；并且，第一次取消时，扣接下去的连技的攻击力的1/3，第二次取消时，在扣1/3的基础上再扣接下去的连技的攻击力的1/2。第三次。同样是1/2。

3、前AB，后AB为前后滚。

EX模式：

1、按BC爆气，拥有KOF2K的BCD功能。消耗一个POW。发超杀时会自动解除爆气状态。

2、AB为原地闪避。

3、某些招式按BC消耗一个POW，会有弹墙功能（标注；DC）的招式。

SP模式：

1、按BC爆气，消耗一个POW；爆气状态时攻击力增加，发动超杀时，爆气状态不会取消；爆气状态不能发MAX，MAX2；

2、有SC功能。