《拳皇2009终极之战》采用了全手绘，无3D制作，人物动作与作画都相当精细，整体风格也更加偏向卡通化，拳皇MUGEN2009终极之战游戏与98与02一样没有剧情属于乱斗。

在大蛇封印解除成功的状况下，迷之组织的一员“无界”趁混乱夺取了八神族的力量，上一届kof大会因主催者神乐千鹤负伤而在混乱中闭幕……随着季节的变迁，时间的推移，今年的的格斗大会开始了。然而华美的kof大会只是一个表面，背面却充满了种种复杂的阴谋。夺走解除封印后大蛇的力量的神秘组织将会有怎么样的目的？缺了一部分的三神器能否扭转逆势？

草薙京：草薙家族的炎之后裔，烈阳之火的继承人，拥有操纵火焰的能力。拥有封印大蛇能力的他，时刻要接受来自八神的挑战。

八神庵：八神家族的炎之后裔，苍炎之火的继承人，拥有紫色烈焰。背弃了家族实名，独自寻求职高的力量。

二阶堂红丸：在富有家庭出身的美日混血儿，闲时也会当时装模特兼职，只有在战斗中头发才会竖起。

大门五郎：曾是日本出产的奥林匹克运动化的柔道项目金牌选手，为证明自己实力而参加日本异种格斗大会。

麻宫雅典娜：人气偶像歌手的超能力少女，在全作品中都出现，人气非常高。