作为重头戏，苹果率先在发布会上发布了传闻一年有余的小屏幕新机iPhone SE，这款手机的外形与iPhone5s完全一致，可以看成是iPhone5s的大幅升级版。
iPhone SE采用了苹果目前顶级的A9处理器+M9协处理器，运算性能提升2倍，并且支持Siri语音唤醒；摄像头采用与iPhone 6s一样的1200万像素iSight摄像头，支持Live Photos，支持4K视频录制，但前置摄像头依然为120万像素；屏幕方面，iPhone SE沿用了iPhone 5s的1136X640的分辨率；国行版iPhoneSE有两个版本，一种是全网通版，一种是移动定制版（不支持电信网络），均支持VoLTE；iPhone SE将出厂运行iOS 9.3操作系统。
除此之外，iPhone SE采用了与5s一样的Touch ID技术，相比iPhone6s落后一代，并且搭载NFC模块，支持Apple Pay移动支付。
国行版iPhone SE 16GB版售价3288元，64GB版售价4088元。拥有金、银、深空灰和玫瑰金四种配色。
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